Er bestaan een aantal websites welke de mogelijk bieden om gratis jouw variant na te kijken of deze al dan niet van belang is :
Deze geven na correcte invulling van de variant een voorspelling of de betrokken variant al dan niet ernstig is.
Er wordt ook een classificatie gegeven.
Echter deze classifactie wordt dikwijls door artsen verkeerd geïnterpreteerd.
Ook leggen artsen op basis van deze classificatie de variant ten onrechte naast zich neer.
Voorbeeld :
Een variant wordt geclassificeerd als "variant of unknown (or uncertain) significance".
Dit wordt als artsen vaak gelezen dat de variant een onbekende betekenis heeft of onzeker is.
Dit is ten onrechte.
De betrokken variant kan bijvoorbeeld in de voorspellingen van bovenvermelde programma's als disease causing of probably damaging worden geanalyseerd.
Hoe meer programma's deze analyseren als disease causing of probably damaging, hoe zekerder men kan zijn dat deze variant echt wel van betekenis is.
Waarom wordt die variant dan toch als "variant of unknown (or uncertain) significance" vermeldt.
Dat is omdat er nog te weinig gevallen gekend zijn om de variant een hogere classificatie te geven.
Om een variant van uncertain significance te catologeren als likely pathogenic zijn er al minstens meerdere gevallen nodig met exact dezelfde mutatie en exact dezelfde symptomen. De varianten die dan als likely pathogenic worden geclassificeerd kunnen deel uitmaken van een verder onderzoek (kunnen dus van financiering genieten). Ook vanaf hier bestaat het recht op genetische manipulatie, je kan dus voor de nakomelingen vragen of men kan verhinderen of deze variant kan worden overgedragen, gezien de impact van de variant.
Om een varaint dan als pathogenic te classificeren is het nodig dat artsen onderzoek hebben gevoerd en er studies worden gepubliceerd waarin artsen hun concensus uiten over de betrokken variant.
Uitleg over de classificaties in het engels :
Classification
In 2015, the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG), the Association for Molecular Pathology (AMP), and the College of American Pathologists (CAP) published a third revision of their guidelines on variant interpretation in Mendelian disorders.[1] The publication recommended the following categories: pathogenic, likely pathogenic, uncertain significance, likely benign, and benign. This guideline is one of many resources published by the ACMG in hopes of improving standardization of variant interpretation and reporting.[1][9][10][11][12]
As of 2020, there continues to be limited involvement from federal agencies to regulate the clinical validity (accuracy) and utility (risks and benefits) of genetic testing.[13][14][15] Variant interpretation and classification is notably subjective, as laboratories developed their own criteria prior to the ACMG-AMP guidelines.[10][11][16] This subjectiveness is further problematic when there is evidence that variant significance changes over time.[15] Due to the lack of consistency in official guidelines, the genomics community is left struggling to efficiently categorize genetic variants.[11][17][18]
Pathogenic
This category is for variants that are well-documented to cause disease.
Likely pathogenic
This category is for variants where the evidence is compelling, but not definitive, to cause disease.
Uncertain significance
This category is for variants where there is unknown or conflicting clinical significance. Additional evidence is needed in order to determine whether or not the variant is causative for a particular disease.
Likely benign
This category is for variants that are not causative for a disease.
Benign
This category is for variants that are not causative for a disease. Benign variants are usually seen previously in higher frequencies and in silico analysis predicts a benign effect on the encoded protein.
Geen opmerkingen:
Een reactie posten